La Struttura costruita nel 1962, ha visto una prima gestione delle famiglie Castellana, Di Maro, Magri, Matera, Negro e Sarnelli fino al 2003, anno in cui viene acquistata dalla famiglia Caianiello. La struttura ha subito avuto un incremento di prestazione e di servizi, il numero dei posti letto originariamente era 45, così suddivisi: 20 di Chirurgia Generale, 15 di Ginecologia ed Ostetricia e 10 di Ortopedia. Nel 2006 la casa di cura Villa Margherita dotata di 30 p.l. (Case di Cura s.r.l) sita in Via del Parco Margherita, viene fusa in Villa Cinzia, determinando l’accorpamento, non solo dei posti letto ma anche di altre unità lavorative.
La struttura, pertanto a seguito della fusione, risulta oggi provvisoriamente accreditata con il SSN ed autorizzata con Decreto Sindacale n° di protocollo 196 del 13\3\2012 e n° 51 del28\3\2012 per le branche di Chirurgia generale con 40 p.l., Ginecologia ed Ostetricia con 22 p.l., ed Ortopedia con 13 p.l., per un totale di 75 posti letto.
Essa si sviluppa in 3 piani fuori terra (1° piano dedicato alla Ginecologia ed Ostetricia, 2° piano dedicato al reparto di I classe, 3° piano dedicato alla Chirurgia Generale e all’Ortopedia) al piano terra è predisposta una hall accogliente e funzionale, un bar, un locale medici, un ambulatorio ginecologico per il primo soccorso ed i servizi amministrativi; l’area del piano terra, invece, è dedicata al Comparto Operatorio.
Nel seminterrato sono allocati tutti i servizi medici diagnostici e radiologici, di deposito e guardaroba. Esternamente la struttura è dotata di svariati posti auto per gli operatori ed il personale .
Villa Cinzia risulta essere un importante centro di nascite, dato l’elevato numero di parti, essa  rappresenta il punto di riferimento degli abitanti della zona tanto da essere definita "l’ospedale di quartiere” .
Per le puerpere è stato studiato un percorso dal primo ingresso fino alla nascita del bambino; è in dotazione un ecografo di ultima generazione per le immagini in 4D, nonchè tutti i servizi cardiotografici e la consulenza medico-ostetrica necessaria.
La struttura è dotata di un nido che adotta la teoria del “rooming in” sin dalle prime ore di nascita per favorire l’intesa mamma-neonato. Affluiscono alla struttura diversi e numerosi ginecologi data la posizione strategica ed il parcheggio .
Dal 2004 è stato sviluppato un centro di Alta Specializzazione per le patologie tiroidee, come è dimostrato dalle diverse pubblicazioni a nome della struttura, dai professionisti, studiosi e chirurghi che afferiscono ad essa. Si effettuano anche interventi di Chirurgia Vascolare, Oncologica, Emorroidaria, Videolaparoscopica e Colonproctologica, ed è attivo un servizio di Endoscopia digestiva ed ecodoppler. Svariati risultano essere anche gli interventi neurochirurgici, artroscopici e di protesi ortopediche.